投資家が金ＥＴＦで利益を得た場合には、売買（譲渡）益と分配金の2種類があり、それぞれ2008年末までは10％の軽減税率が適用されます。

また、特例措置として、2009年、2010年の2年間は、譲渡所得等の金額の500万円以下の部分、および配当所得100万円以下の部分については、10％の軽減税率が適用されます。

なお、現在、証券取引所に上場している株式、ＥＴＦなどの売却（譲渡）益に対する課税方法は、申告分離課税に一本化されていますので、投資家は、自分で売却収入から取得費などを差し引いて売買損益を計算し、確定申告する必要があります。

特定口座というのは、投資家の上記のような負担を軽減するために創設されたものです。具体的には、譲渡にかかる所得金額の計算、および源泉徴収を行ってくれるのが特徴です。

特定口座には、「源泉徴収あり」と「源泉徴収なし」の2種類があり、「源泉徴収あり」を選択すると、証券会社が納税を代行してくれますので、確定申告をする必要がなくなります。

ただし、譲渡損失の繰越控除（翌年以降の3年間）や源泉徴収された税額の還付を求める場合などは、確定申告を選択することもできます。

なお、「源泉徴収なし」を選択した場合は、投資家自身で確定申告することになりますので、証券会社が用意する年間取引報告書の所定の欄に記載して、同報告書を添付する形で申告します。

金ＥＴＦの利益と損失は、上場株式などの利益・損失と損益通算することができます。また、申告すれば、3年間の繰越控除も可能です。

ただし、同じ金投資（所得区分が同じ譲渡所得）であっても、金ＥＴＦと金地金などの損益を相殺することはできません。

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